本文部分故事情节来自金庸小说倚天屠龙记连载版及世纪新修版，可能与三联版故事有冲突。
要说黄药师怎么死的，我们从襄阳城被蒙古铁骑围困的第五个年头说起。襄阳城被困五年，城内粮草等物资严重匮乏，士兵们少盐少穿少装备，战斗力大幅度下降。郭靖感到城破时迟早之日，便飞鸽传书给古墓的杨过和桃花岛的黄药师，希望商讨城破后的事宜。
年过六旬的黄药师马不停蹄的赶到襄阳时，杨过已经提前到了襄阳。黄蓉不希望武穆遗书（世纪新修版改成了郭靖兵法），九阴真经等落在蒙古人手里，希望能把书藏在一个地方，藏书的地方制成宝图能放在刀剑里。
最后决定把九阴真经、洪七公和黄药的精妙武学及武穆遗书，放到桃花岛由黄药师来看管，藏书的地址制成宝图放到刀剑里。杨过为了民族大义，将自己的玄铁剑与君子淑女剑贡献出来。
正好有个波斯铸剑高手在襄阳城内，于是交予他来铸屠龙刀与倚天剑。铸剑高手在其中一块玄铁片上刻上“普渡山东桃花岛”，另一片刻着“地图及进入方法”分别放入刀剑中，并将屠龙刀刀背离刀柄七寸处用做软铁，可用倚天剑离剑柄七寸处的锋刃慢慢切入，慢慢磨锯，就可将刀剑锯开（这段故事来自世纪新修版）。
此时由于郭芙丈夫耶律齐因为忽必烈答应给其父亲耶律楚才平反而暗暗投降蒙古人，被黄蓉发现后，羞愧自杀而死。郭靖、杨过、黄药师又进行了协商分配了工作，郭靖负责保卫襄阳保卫大宋，杨过负责监管丐帮，留下火种再试图光复汉人的江山，黄药师负责把武穆遗书及秘籍送回到桃花岛。
不久刀剑铸好，屠龙刀给了郭破虏，倚天剑交予了郭襄。郭芙因为丈夫的背叛和丐帮的事情要与杨过交接，就随杨过去了古墓。黄药师和郭襄带着秘笈回到了桃花岛。
黄药师的徒弟程英和陆无双看到师父和郭襄回来也是相当高兴，众人把兵书和秘笈放到了地图所指的位置。
不日传来消息，襄阳城破，郭靖黄蓉郭破虏以身殉国，白发人送黑发人，黄药师好不悲伤。好久没有杨过郭芙的消息，黄药师就让程英去趟古墓看看郭芙的状况，程英欣然同意前往了古墓。
程英到了古墓不久飞鸽传信给黄药师，原来小龙女因为身体原因生了个女孩后就去世了，郭芙已与杨过成亲。郭襄得知这个情况心中醋意、恨意大发，一怒之下出家为僧，并创立了峨眉派，开始开坛授徒，发誓与古墓势不两立。
黄药师只好和陆无双在桃花岛生活着，不日程英又飞鸽传书来说，信中说郭芙生下个男孩取名叫杨破天，自己也与杨过成亲了，不久也会生产，希望黄药师能去古墓。
黄药师希望自己在岛上能看守宝藏，让程英把生下的小孩带到桃花岛来。一年后，程英带着个男孩回到了桃花岛，黄药师问叫什么名字，程英答到：杨逍。黄药师很是喜欢这个杨逍，并把全身功夫传授于他，尤其是弹指神通杨逍修炼的是相当精进。
转眼黄药师已经过了古稀之年，杨逍的性格相貌颇有黄药师的几分魏晋遗风。
这时候郭襄的徒弟风陵师太名下的两名弟子孤鸿子和灭绝师太与杨逍年纪相仿，这个孤鸿子心高气傲，谁也不放在眼里，多次悄悄来挑衅杨逍，都被杨逍拒绝。一次孤鸿子偷偷拿了师父的倚天剑出来，和杨逍挑衅，说要是赢了他，他便将剑双手奉上。
杨逍也听说过“武林至尊，宝刀屠龙，号令天下，莫敢不从，倚天不出，谁与争锋。”传言，就答应了与孤鸿子的比武。
几招下来，峨眉派出类拔萃的孤鸿子就在杨逍的弹指神通败下阵来，孤鸿子怒气冲冲给了杨逍， 杨逍竟然笑道：“倚天剑好大的名气！可在我眼中，却不过是一堆破铜烂铁！”随后杨逍潇洒的弃剑而去。孤鸿子受到杨逍如此大的侮辱，竟然急火攻心、气病而死，倚天剑也遗失还被当地官府献给了蒙元朝廷，峨眉派可谓是损失惨重。
黄药师得知孤鸿子私自拿倚天剑出去很是恼火，对郭襄的徒子徒孙很是失望。后来杨破天改名阳顶天当了明教教主，杨逍也去了明教帮助他大哥，并被委任为光明左使。灭绝师太暗恋的孤鸿子死后，对杨逍以至于都明教恨之入骨。
多年来阳顶天率领明教继承了郭靖的遗志驱除鞑虏，恢复河山，与元朝进行着不懈的斗争，黄药师心里也有些许安慰，弥补了郭靖夫妇的殉国和屠龙刀倚天剑丢失的自责。
年过九旬的黄药师在桃花岛带着丝丝的遗憾优雅的去世了，自此武林史上不朽的名字，武侠文化历史上的第二个黄金时代在黄药师最后一个五绝去世后也落下的帷幕。
黄药师最后的结局，最有可能是葬身大海。
一、黄药师最后出现在神雕中
黄药师性格古怪，连桃花岛都，留给了郭靖和黄蓉去住，他自己去云游四海。
他最后出现在神雕中，是神雕末期。襄阳城大战，迫在眉睫。杨过和小龙女、周伯通、一灯大师，纷纷赶来帮忙。黄药师自然也来了。
在众人的齐心协力下，终于守住了襄阳城。
黄药师等人，在华山之巅祭拜了洪七公和欧阳锋。还遇到了张君宝和觉远大师。杨过和小龙女离开华山后，神雕侠侣就剧终了。而黄药师的结局，却留给了我们无限遐想。
二、黄药师最有可能的死法
黄药师是怎么死的，其实射雕时期，就埋下了伏笔。
当时，黄药师送洪七公、周伯通和郭靖三人，离开桃花岛。周伯通执意要做花船，黄药师显得十分为难，最后还是同意了。
后来他才说，那花船是他用来和亡妻相会用的。花船的捆绑上，做了一些手脚，海浪拍打几下，就会散掉。
黄药师希望以这种方式，祭奠他自己的爱情。只是考虑到黄蓉年幼，不忍心她一个人在世上，被人欺负，才一直没用。
所以，到了神雕末期，黄药师最后有可能的结局，就是回到桃花岛，再造一艘花船。葬身大海，和冯衡相会。也许，这是他最好的结局。
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